云南医药健康职业学院基础与临床医学院具备良好的实验实训条件和丰富的教学资源，拥有一批教学经验丰富，教学效果显著的师资队伍。目前下设基础医学教研室、临床医学教研室。基础医学系承担着学院护理学、助产学、药学、中药学、医学影像技术、医学检验技术、口腔医学技术、康复治疗技术、中医康复技术等专业的基础医学课程及临床课程的教学任务，是进行基础医学和临床医学教学的重要基地。

云南医药健康职业学院下设5个系部，目前设有口腔医学（临床医学类）、临床医学（临床医学类）、针灸推拿（临床医学类）、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、医学美容技术、护理、中药学和康复治疗技术等17个专科专业

学院建有实验实训室71间，拥有专业的基础实验（训）中心、口腔医学实验（训）中心、护理实验（训）中心、药化实验（训）中心等多个实验（训）中心和临床微生物学检验实验室、临床分子生物学检验实验室、药物分析实验室等多个实验室。学院奉行医教协同、校企合作、产教融合的办学理念。积极开拓校外实习基地并签订校企合作协议。学院拥有昆明市五华区人民医院（非直属附属医院）、云南博亚医院（附属医院），昆明市第二人民医院、